Um industrial japonês, sob a influência da moda americana, decidiu começar a construir abrigos atômicos individuais, mas não conseguiu estabelecer a produção em massa, e o único abrigo construído foi abandonado. Cinco anos depois, a construtora, usando o bunker como base, ergueu um prédio de três andares, cuja parte traseira era adjacente à encosta. Nesta casa, estabeleceu-se um homem que voluntariamente deixou a sociedade. No passado recente, ele era o secretário pessoal de um político famoso, casou-se com sua filha e publicou abrigos atômicos em uma empresa de construção que seu sogro controlava.

Mas um belo dia, ele tirou da esposa um filho de cinco anos, que os médicos consideravam retardado mental, e começou a viver com a criança como reclusa em um abrigo. Ele próprio nomeou o advogado daqueles a quem mais amava neste mundo - árvores e baleias. Ele mudou seu nome para enfatizar sua nova essência e começou a se chamar Ooki ("árvore poderosa") Isana ("peixe valente"). Ele está envolvido em ver fotos de baleias, observando através de binóculos árvores que crescem lá fora. Para estar mais perto da natureza, ele fez um buraco no chão do bunker de 30 × 30 centímetros e mergulha em pensamentos, colocando os pés descalços na terra real. Isana gravou as vozes de vários pássaros, e seu filho Dzin aprendeu a reconhecê-los com precisão: verificou-se que o menino tem uma audição excepcionalmente aguçada.

Uma vez que um incidente ocorre em uma planície pantanosa que é visível pelas janelas de um abrigo. Uma jovem seduz um agente da polícia e seus amigos o atacam e tiram a arma. Para se salvar, o agente seleciona o mais fraco dos atacantes e, tendo inventado, coloca uma algema na mão, enquanto clica na segunda algema. Os adolescentes espancam o agente e o garoto tenta cortar a mão para escapar. Um agente da polícia desata a algema e foge, e os adolescentes gritam atrás dele por um longo tempo.

Vendo que as árvores estavam cobertas por folhagem jovem e ganhavam uma sensação de total segurança, Isana, espiritualmente conectada a elas, também se sente protegida e deixa o abrigo. Ele, como as plantas, acorda da hibernação e procura uma saída para a energia que acumulou nele. Junto com Jin, ele pega o ônibus e vai ao parque, mas eles chegam tarde demais: o parque já está fechado e os passeios não estão funcionando. O vigia, no entanto, sente falta deles e, em um parque deserto, eles encontram um grupo de adolescentes agressivos, um dos quais com a mão enfaixada. Isana sente um medo irresponsável e está com pressa de voltar ao abrigo. Indo para a loja e deixando Jin em casa sozinho, Isana também sente medo. Ele tem pesadelos à noite. Ele tem a sensação de que o abrigo deles está sendo vigiado o tempo todo. Uma vez que ele descobre um desenho na parede de uma casa - um círculo e uma cruz. Isana pinta próximo a esse padrão de olho. Ele conhece uma garota perto de sua casa, que o oferece para dormir no camarim da famosa atriz em um estúdio de cinema abandonado, um pouco mais longe das planícies pantanosas. Isana nada responde e sai, e à noite ouve o pisoteio de adolescentes no telhado e se preocupa com Jin, cujo frágil equilíbrio mental é tão facilmente perturbado.

No dia seguinte, Isana olha através de binóculos as ruínas de um estúdio de cinema e vê uma garota nua na janela do pavilhão. De repente, ele percebe um grupo de adolescentes que o acusam de espioná-los. Eles perguntam por que Isana e Jin moram aqui sem conversar com ninguém. Isana explica a eles que ele é um advogado de árvores e baleias. Tendo ameaçado represálias, os adolescentes forçaram Isan a deixar Boy entrar em casa, um adolescente cujo ferimento começou a apodrecer, e Inago, a mesma garota que sugeriu que Isan dormisse com ela. Isana vai à farmácia buscar remédios para o paciente, enquanto Inago cuida de Jin. Para surpresa de Isan, a menina trata o bebê com cuidado e atenção.

Um dos adolescentes, Takaki, conta a Isana sobre a Árvore das Baleias. Quando criança, Takaki ouviu falar dele, sonhou com ele, mas nunca o viu. O nome "Árvore das baleias" dá a Isan um sentimento caloroso, mas também começa a parecer que essa árvore existe. Retornando da farmácia, Isana cai da bicicleta. Os adolescentes riem, sem pensar que ele pode se machucar. Isana se maravilha com a crueldade deles. Takaki chega para Isana em um carro roubado e continua a história da Árvore das Baleias. Alguns dias depois, Takaki mostra a Isana um punhado de adolescentes: eles se estabeleceram em um estúdio de cinema abandonado. Desmontaram a escuna, que um deles deveria guardar, arrastaram-no em partes para um dos pavilhões, e lá o recolheram e começaram a estudar os negócios marítimos, para que mais tarde pudesse zarpar. Os adolescentes estão unidos no Union of Free Mariners e moram bem aqui, equipando os cubículos no porão.

Vendo que Takaki trouxe Isan, a Batalha, que quase se recuperou e voltou para a escuna, quer atirar em "esse homem louco": ninguém mais deveria saber sobre seu esconderijo. Isana não tem medo da morte: Inago se importa tão bem com o garoto que ele pode viver sem pai. Mas Isana deve cumprir sua missão - dizer aos recém-chegados de outros mundos que não foi o homem que reinou na terra, mas baleias e árvores. A luta teme que Isana os denuncie à polícia, mas todos os outros adolescentes estão imbuídos de confiança em Isan e o oferecem para se juntar a eles.

Um homem apelidado de Korotky, que já tem quarenta anos, de modo que é ainda mais velho que Isan, diz que aos 35 anos de idade ele começou a encolher de repente e ainda está encolhendo. De fato, seus membros parecem muito longos em comparação com um corpo excessivamente curto. Ele foi enviado para um hospital psiquiátrico, mas escapou de lá. Ele não tem lugar no mundo das pessoas comuns e se sente normal em uma sociedade de adolescentes. Ao ouvir o raciocínio de Isan sobre árvores e baleias, os adolescentes chegam à conclusão de que ele tem o que lhes falta: a capacidade de colocar seus pensamentos em palavras. Eles acreditam que seu excelente domínio da palavra pode ser útil para eles.

Isana confessa aos adolescentes seus pecados: quando ele era secretário de seu sogro, ele trazia meninos para ele, concedendo suas perversões. Uma vez que mataram acidentalmente um garoto, e desde então Isana não conheceu a paz. Como "especialista em palavras", Isan começa a estudar inglês com adolescentes, escolhendo esse "Moby Dick" e Dostoiévski em uma tradução para o inglês. A princípio, ele teme que as conversas do velho Zosima pareçam morais demais para os adolescentes, mas eles escutam com grande interesse, e a palavra “oração” os captura literalmente. Para surpresa de Isan, os adolescentes gostaram muito de Jin e gostaram de ouvir música séria. Isana vive na expectativa do fim do mundo, e os adolescentes estão esperando o Grande Terremoto - eles têm muito em comum.

Os adolescentes são atraídos para a União dos Navegantes Livres por um soldado das forças de autodefesa - o amado Inago. Eles querem que ele os ensine a lidar com armas. Isana pede a sua esposa Naobi que encontre um lugar na costa onde ele e seus amigos possam viver de duas a três semanas. Naobi encontra um lugar para eles em Izu, mas Korotky comete uma traição - ele fotografa os exercícios militares da União dos Navegantes Livres e vende fotografias para o semanário. Ele quer forçar os adolescentes a matá-lo, acreditando que o crime os unirá e transformará a União dos Navegantes Livres em uma organização militar. Os adolescentes organizam um julgamento contra Korotky, durante o qual um deles - Tamakichi - fere acidentalmente Korotky. Percebendo que a ferida curta é fatal, os adolescentes decidem executá-lo. Cada um deles joga uma pedra nele. Isana e o soldado se afastam. Um soldado, pegando uma metralhadora carregada e jogando Inago, entra em uma motocicleta e foge, os adolescentes perseguem. Um deles - Tamakichi - lança uma granada em uma escuna de pesca. A escuna acende e a suspeita recai sobre o soldado. Um soldado comete suicídio. Inago se torna a amante de Isan, Isan, Dzini, Inago retorna a Tóquio, em refúgio. Lá eles são recebidos por adolescentes: eles estão destruindo um estúdio de cinema, não tinham para onde ir e, depois de quebrar uma janela, subiram no abrigo de Isan.

No pavilhão do estúdio de cinema, houve apenas uma batalha: ele nunca concordou em deixar a escuna. Para que ela não caia nas mãos erradas, ele explode. Trabalhadores destruindo um estúdio de cinema venceram Boy. Tamakiti leva o camarada moribundo para uma clínica na Universidade de Tóquio e o deixa no fliperama. Os adolescentes estão pensando no que fazer a seguir. Isana pede a Naobi que ajude a conseguir o dinheiro para o navio velejar com os adolescentes. Naobi se nomeou para a eleição, e Isana espera que seja mais lucrativo que seu marido e filho nadem no mar, protegendo as baleias, em vez de ficarem em um refúgio atômico. Naobi promete oferecer à construtora a compra de abrigo e terra de Isan - o lucro será suficiente para o empreendimento planejado. Para o caso, os adolescentes fazem suprimentos de comida - se quiserem ser cercados, precisarão deles em um abrigo, mas se se espera que eles naveguem, eles os levarão com eles. Para não colocar a criança em risco, os adolescentes oferecem a Isan e Jin que deixem o abrigo, mas Isana quer informar sua esposa que eles e Jin são feitos reféns - então ela certamente colocará um navio à sua disposição. Carros de polícia são visíveis a partir da janela do abrigo. Um esquadrão motorizado cercava o prédio. Adolescentes atiram, a polícia disparou gás lacrimogêneo. Eles exortam os sitiados a se render.

Adolescentes estão esperando a chegada da esposa de Isan. Naobi chega, mas afirma que, mesmo em nome da vida de seu filho, ela não entrará em acordo com criminosos. Os adolescentes lutam bravamente, mas o poder não está do lado deles e morrem um após o outro. Fica claro que eles não precisam mais do navio: eles ainda não podiam velejar, porque o navegador e o operador de rádio foram mortos. Tamakichi pretende lutar até o fim, mas ele não quer que a União dos Navegantes Livres desapareça sem deixar rasto. Ele convida Takaki para sair e revivê-lo. Isana renuncia como especialista de acordo com o Union of Free Mariners, agora ele está totalmente comprometido com os deveres de um advogado de baleias e árvores. Takaki admite que sua história sobre a Árvore das Baleias é uma ficção, mas Isana objeta que, assim que ele não pode ir à casa de Takaki e se convencer disso, nada o impede de acreditar que a árvore das Baleias existe. Takaki com uma bandeira branca deixa o abrigo, seguido por Inago com Jin nos braços e um médico (um ex-aluno de um instituto médico). Enquanto eles vão para o carro, a polícia os espancou.

Quando o carro tira aqueles que se renderam, um caminhão de bombeiros se aproxima do abrigo e começa a arruinar o prédio. Apenas Isana e Tamakiti permaneceram no abrigo. Isana vai até o bunker. Colocando os pés no chão, ele ouve o filme com gritos de baleias. A água jorra do chão como uma fonte: emitida por um carro de bombeiros, vaza sob a fundação e entope no local onde o buraco está no chão. A tampa do bueiro sobe, são ouvidos tiros. Isana atira de volta. A água aumenta cada vez mais. Voltando-se para as almas das árvores e das baleias, Isana lhes envia o último perdão e morre.